Su carrera comercial comenzó con los álbumes Mudanza y acarreo y Mientras más lo pienso… tú. Él y su banda fueron nominados para asistir al Festival OTI de la Canción y representar a la República Dominicana.

Su siguiente álbum, Ojalá que llueva café (1989), le trajo el reconocimiento internacional. En este álbum mezcla el merengue con melodías suaves y pistas de fondo súperrápidas, convirtiéndose inmediatamente en éxito en muchos países de América Latina, con la canción del mismo nombre como primer sencillo. Posteriormente, se filmó el vídeo de la canción, y Juan Luis Guerra y su banda 4.40 comenzaron a viajar. La canción se revivió en 1996 y en el 2008 con las versiones de la banda mexicana Café Tacuba y la cantante española Rosario Flores.[5]

El 11 de diciembre de 1990, lanzó al mercado su siguiente álbum, Bachata rosa, que se convirtió en un gran éxito y le otorgó a Guerra su primer Grammy. El álbum, que había vendido más de cinco millones de copias en ese momento, permitió que Guerra se mantuviera firme en su gira por América Latina, Estados Unidos y Europa. Este álbum contiene canciones de amor memorables como «Burbujas de amor», «Bachata rosa», «Rosalía», «Como abeja al panal», «A pedir su mano», «Carta de amor», y «Estrellitas y duendes».[6]

En 1992, lanzó su álbum más comprometido socialmente, Areíto (que es una palabra taína), y su primer éxito, «El costo de la vida» (número uno en el Hot Latin Tracks, donde Guerra fue el primer artista de música tropical que logró esta hazaña), cuyo video tiene un claro mensaje anticapitalista. Otras canciones incluidas en este álbum protestan contra las malas condiciones en muchos países de América Latina, hablan de la celebración del «descubrimiento» de América y de la doble moral de los países del Primer Mundo.[7]

En el álbum Fogaraté (1994), Guerra se desligó de las canciones de protesta. Este álbum está centrado especialmente en los géneros musicales más rurales y menos conocidos dentro de la música dominicana, como por ejemplo el perico ripiao.

Su disco Ni es lo mismo ni es igual (1998) cosechó gran éxito de crítica, ganando tres premios Grammy Latinos en el año 2000 a la mejor interpretación de merengue, mejor canción tropical y mejor arreglo. Sus éxitos incluyen «Mi PC», «Palomita blanca» y «El Niágara en bicicleta».

Juan Luis Guerra es uno de los artistas latinos más reconocidos internacionalmente en las últimas décadas. Su estilo de mezclar merengue y bolero, y la fusión de afro-pop/jazz le ha ganado un considerable éxito en toda América Latina. Guerra generalmente es asociado con la música popular dominicana llamada bachata, y aunque esta asociación es en parte cierta, Guerra realmente utiliza los conceptos básicos del ritmo bachata pero con un toque de bolero más melódico.[8] No se limita a sí mismo a un estilo de música, sino que incorpora diversos ritmos musicales que incluyen merengue, bolero, bachata, balada, salsa, rock and roll e incluso gospel. La canción «Ojalá que llueva café» es una de sus piezas más aclamadas. Guerra también realizó un remix de la canción «La llave de mi corazón» con Taboo de los Black Eyed Peas, como claro ejemplo de su fusión de géneros musicales.